Sierra : La sierra presenta dos estaciones climáticas bien diferenciadas: una de estío (abril a octubre), caracterizada por días soleados noches muy frías ( las heladas) y ausencia de lluvias y una lluviosa (noviembre a marzo), con lluvias abundantes. Un rasgo que caracteriza a esta región es la marcada variación de temperatura a lo largo del día. Es común contar con temperaturas de hasta 24° C al mediodía y tan bajas como –3° C por la madrugada. La sierra cuenta también con un clima seco y agradable, ideal para el crecimiento de una enorme variedad de cultivos.

Selva : La selva se puede dividir en selva alta o ceja de montaña (sobre los 700 msnm) y selva baja (por debajo de 700 msnm). La primera posee un clima subtropical y templado, con abundantes lluvias (noviembre a marzo). Las noches son siempre frescas. La selva baja ofrece dos estaciones climáticas. La estación de estío o vaciante (abril a octubre) época ideal para el turismo, con días de sol y altas temperaturas, a menudo superiores a los 35° C. En estos meses los ríos disminuyen su caudal y las carreteras son fácilmente transitables. La estación de lluvias (noviembre a marzo) se caracteriza por frecuentes chaparrones y un deterioro de la transitabilidad terrestre. La humedad en la selva es muy alta a lo largo del año.